Bibliothèque de L'IMIST/CNRST

PH.D Université Mohammed V 2017

Les études d'association génétique (GWAS) représentent l'analyse de nombreuses variations génétiques sur de nombreux individus afin d'évaluer leurs corrélations avec des traits phénotypiques. Ces études visent à identifier les facteurs de susceptibilité génétique des maladies multifactorielles.
Le nombre élevé de tests statistiques effectués requiert une puissance de calcul considérable et des corrections sur de multiples tests, ce qui signifie que plus le nombre de SNPs utilisés dans l'étude est élevé, plus la p-value devrait être faible pour être considérée significative.
Selon la littérature scientifique, il est nécessaire de disposer d'un nombre élevé d'échantillons (35 000 environ) pour réaliser une étude GWAS. Si le nombre d'échantillons dans l'étude est réduit, il y a moins de risque de trouver un SNP avec une p-value significative.
Dans ce travail, nous avons étudié la possibilité de réaliser une sélection de marqueurs SNPs des gènes ADME en fonction des critères décrits dans la littérature afin de conserver uniquement les SNPs susceptibles d'être utilisés dans un usage pharmacogénomique.
Pour valider ce protocole, une étude GWAS, avec seulement 2084 échantillons, a été réalisée sur le set des SNPs retenus. Le résultat a été comparé à celui d'une autre étude GWAS sur l'ensemble complet de SNPs avant la sélection.
Par ailleurs, une étude comparative entre les plates-formes de génotypage et d'enrichissement a été réalisée. L'objectif de cette étude était de vérifier si notre sélection est couverte par les puces commercialisées.